Бактерии, вызывающие развитие брюшного тифа, локализуются преимущественно в тонкой кишке, нарушая функции ее лимфосистемы. Размножаясь, микробы проникают в кровоток, что совпадает с появлением начальных признаков заболевания. С усилением отравления самочувствие пациента ухудшается, растет температура, возникают нарушения функций центральной и вегетативной нервной системы, кроме того поражается ССС, органы пищеварения и т.д. Бактерии из очагов размножения через кровоток распространяются по всем органам, в которых присутствует ретикулоэндотелиальная ткань в большом количестве (такие как лимфоузлы, печень, селезенка, костный мозг) и затем выделяется из организма с экскрементами и уриной. Ослабляя организм человека, вирусы заболевания снова проникают в лимфоидную ткань кишечника, приводя к гиперергической реакции, вследствие которых возникают некрозы и язвенные поражения кишечника. По мере борьбы организма с возбудителями развивается иммунизация и образование специфического гуморального, а также неспецифического клеточного иммунитета. При помощи иммунитета организм избавляется от вируса, но у некоторых людей с иммуногенетическими нарушениями брюшнотифозные микробы паразитируют внутри клеток костного мозга, селезенки, печени, способствуя развитию хронического бактерионосительства. Иммунитет после перенесенного заболевания сохраняется в течение 15—20 лет, после истечения которых вероятны рецидивы.